但广东部分地区已经落入海汉掌控，而福建由许心素把持，想从他兜里掏钱可并不容易，至于浙江地区，虽然仍受朝廷管辖，但各级地方官府大多与海汉建立了密切的利益关系，对朝廷的指令也是阳奉阴违。

1642年秋，被派往福建监督税赋征收的太监与地方官员发生冲突，许心素一怒之下把太监一行人全都抓了起来，把为首几人直接砍了脑袋，并公开宣布福建不会接受朝廷加派的赋税。

虽然此时福建名义上还有朝廷任命的巡抚和三司官员，但绝大部分地区都已在许家势力的掌控之中，许心素放出来的话，可要比朝廷政令更为有效。如果朝廷要就此追究许心素的责任，那么这次冲突很可能就会演变成分疆裂土的战争。

崇祯最后还是在爆发内战的压力面前选择了妥协。他深知福建的地方武装可不是中原农民军能比，许心素麾下的精锐部队几乎是清一色的海汉装备，而且不少武官都有随海汉军在外征战的经历，想对福建动手，后果恐怕将会难以收拾。

但即便朝廷对许心素的逾矩行为保持了沉默，还是因此加快了福建从大明分裂出去的速度。不久之后许心素便找了一些理由，宣布接管福建地方政务，由设在漳州的行政机构取代了原有的三司衙门，并对地方官员进行了一番大清洗。那些仍然立场鲜明坚持效忠朝廷的官员就成为了清洗对象，由效忠许心素的官员顶替了他们的职位。