兵荒马乱也有不少时日了，政令不能出城，远乡的那些叛逆的奴才乘机要钱、烧毁房屋、杀害主人，这种事络绎不绝。烟火相杂，把天空都遮住了，大家连忙上去救死扶伤，忙个不停。

清兵越来越多，立刻就在君山、黄山等地方驻扎，对四周的民居烧杀抢掠，昼夜都不停止。

刘良佐作招降书一纸，从东城外射了进来，又叫军士搜杀那些星散的乡民，见乡民已经不敢再来，于是就一心一意地攻城。

城中防守严密，清军的箭像两点一样地落了下来，城里的人一手用锅盖遮住自己，另一只手接箭，每天可以得到三、四百支。

不到十万的百姓面对，二十四精锐清兵，打的清兵节节败退，清兵大怒，大举来进犯。忽然看见一个少年将军持戟冲来冲去锐不可挡。等战事完了以后，已经不知去向。大家怀疑是当地的土神陈烈士，都前往祭祀。

贝勒派人来游说，只要拔去“大明中兴”的旗号，悬大清旗号四面，斩四门为首的几个人，其余的人都饶了不杀，就算是不剃发，他也将带兵返回。应元说道：“宁可斩我一人。其余的人都无罪，不可斩。”和议也不了了之。

百姓带酒登城，举杯痛饮，诸生许用模仿楚歌，作五更传曲，令善歌的人登高传唱，以笙笛箫鼓相和。这时，天无纤翳，皓月当空，清露薄野，剑戟无声。黄弩师在西边的敌楼操起胡琴。歌声悲壮，响彻云霄。清兵争向靠前倾听，或怒骂，或悲叹，甚至有人哭了起来。

可是几天以后江阴城陷，阎应元坐在东城敌楼，要了一枝笔，在门上写道：八十日带发效忠，表太祖十七朝人物；十万人同心死义，留大明三百里江山。

题好后，带领千人上马格斗，击杀清兵无数。夺门向西走，冲不出去，陈明遇关闭衙门，亲自点火，烧死男女大小共四十三人，自己持刀到兵备道前下马与清兵肉博，身负重伤，握刀僵立在墙壁上，没有倒下。

冯厚敦穿着公服在明伦堂自缢，他的妻子和姐姐投井而死。中书戚勋，诸生许用，把门关上，自焚。

战役中有一江阴无名女子，在殉节前题诗：露胔白骨满疆场，万里孤忠未肯降，寄语行人休掩鼻，活人不及死人香。

第二天，还在巷战不已。清兵用火攻击败了他们。老百姓慷慨赴死，都以先死为幸，没有一人顺从。清军下令从东门出去的不杀，又下令十三岁以下的童子不杀。

男女老少，投水、蹈火、自刎、自缢的不计其数。内外城河、绊河、孙郎中池、玉带河、通塔奄河、裹教场河处处填满了尸体，叠了有好几重，光投四眼井的就在四百多人。

因为前后长达81天之久，故被称为“江阴八十一日”。后全城殉国，无一人投降。清军折损三个王爷，大将十八名；参加攻城的还有后来晋封为亲王的博洛（清端重亲王）和尼堪（清敬谨亲王）、清恭顺王孔有德；清兵二十四万大军携二百多门大炮围城，一共损失的士兵有七万五千余人。

江阴方面，守城八十一日，城内死者九万七千余人，城外死者七万五千余人，江阴遗民仅五十三人躲在寺观塔上保全了性命。