艾伦和丽莎在新环境中遇到的最大挑战是失去了大部分研究资料。旅馆的火灾使他们不得不依靠梦境中的线索和记忆来恢复研究，这个过程充满了困难和不确定性。

艾伦和丽莎失去了之前的研究成果，这使得他们不得不重新开始，大大延误了研究进度。

由于失去了研究资料，艾伦和丽莎不得不依靠梦境中的线索来继续研究。然而，梦境中的线索往往是模糊和不确定的，这给他们的研究带来了巨大的挑战。

失去研究资料使得艾伦和丽莎在一定程度上失去了信心。他们开始怀疑自己是否能够继续深入研究马路的神秘现象，并取得实质性的进展。

尽管这个挑战非常大，但艾伦和丽莎并没有放弃。他们努力回忆梦境中的线索，互相分享记忆，并寻找其他可用的资源，最终成功地恢复了大部分研究资料。在新的环境中，他们继续深入研究马路的神秘现象，并取得了重要的突破。

火灾后，艾伦和丽莎通过以下方法努力恢复研究进度：

艾伦和丽莎首先努力恢复失去的研究资料。他们依靠梦境中的线索和互相分享的记忆，尽可能地补全研究资料。此外，他们还寻找其他可用的资源，如图书馆和档案馆的文献，以及专家的建议，来补充研究资料。

在恢复研究进度的过程中，艾伦和丽莎不断优化他们的研究方法。他们发现，通过梦境中获得的线索，可以找到一些新的观察和分析马路神秘现象的角度。这使得他们的研究更加深入和全面。

艾伦和丽莎根据新环境的特点和现有的资源，调整了他们的研究计划。他们制定了新的研究目标和时间表，以便在有限的条件下尽快恢复研究进度。

尽管火灾给他们的研究带来了巨大的挑战，但艾伦和丽莎始终保持积极的心态。他们相信，只要他们坚持不懈，就一定能够在新环境中取得研究的突破。

通过以上方法，艾伦和丽莎成功地在火灾后恢复了研究进度。尽管这个过程充满了困难，但他们的努力最终得到了回报。在新的环境中，他们继续深入研究马路的神秘现象，并取得了重要的突破。