日本旅客流量最大的是位于东京羽田的东京国际机场。东京国际机场通常被称为羽田机场。于1931年启用的羽田机场是日本的首座商业机场，在1978年东京新国际机场启用之前，一直担负着国内和国际航线的运营业务。成田机场正式运营之后，羽田机场成为以国内航线为中心的机场，而2010年第4条跑道开始启用，又充实了国际航线。除了首尔、上海、香港等亚洲城市，还有飞往洛杉矶、纽约和巴黎等欧美主要城市的直达航班。羽田机场也于2010年10月开始全天24小时运营。

东京成田国际机场

新东京国际机场也称成田机场，位于东京以东约66千米（41英里）的地方。成田机场自1978年正式运营以来，作为日本的大门迎接了众多的海外旅客。2009年扩充了跑道，增加了航班。还开通了成田Sky Access特快列车，只需要36分钟便可以抵达东京都中心，越来越方便。

大阪国际机场

大阪国际机场也称伊丹机场。在1994年9月关西国际机场启用前，一直担负着飞往关西地区的大多数国内航班和所有国际航班的业务。现主要用于国内航班起落。

关西国际机场

关西国际机场坐落在大阪湾的人造岛。除了为更多的国际航空运营商提供延伸的业务和进出港服务之外，这座机场还是日本第一家全天24小时营运的航空机构。2016年的起降总数约为177109架。机场配有最新技术的自动控制系统，可以在没有旅客时自动停止空调运转，升降系统可以自动测量下沉情况，在问题发生之前进行修正等。

水运

日本对外贸易主要依靠海运。全国主要港口有神户、横滨、千叶、名古屋、大阪、北九州等。截至2017年12月31日，日本有各类商船5278艘，总吨数达万吨。因挂靠其他国家可降低成本，许多日本船舶都在其他国家注册。