在国内战线上，面对残暴的纳粹德国占领者，波兰人民从没有停止抗争。大体而言，抗争力量可分为两支，一支是贯穿占领时期始终的抵抗运动（英语：Polish resistance movement in World War II），另一支则是在战争中期成立的波兰家乡军。波兰的抵抗运动是二战欧洲三大抵抗运动之一，其组织了一系列秘密活动，形成了一个地下国家，并拥有完备的教育和司法体系。由于抵抗运动忠于流亡政府，反对共产主义，因此其于1944年夏季组织了暴风行动（英语：Operation Tempest），其中包括8月1日的华沙起义。

纳粹德国军队在阿道夫·希特勒的命令下，在波兰建造了特雷布林卡、马伊达内克、奥斯威辛等六座灭绝营。纳粹运用铁路运输体系，从占领区各地运来上百万的犹太人，随后在灭绝营将其全部杀害。据统计，在纳粹占领期间，共有300万波兰犹太人（约占战前波兰犹太人总数的90%）以及180至280万波兰人被纳粹杀害。仅华沙起义就有15万波兰平民遇害。此外，在1939年至1941年间，在苏联占领的波兰领土上，也有约15万波兰人遇害；而在1943年至1944年间，乌克兰民族主义者屠杀了10万波兰人。 在二战所有参战国当中，波兰的人口损失比例最大，共有600万人丧生，占战前波兰人口的六分之一，其中半数为犹太人。 在所有死者中，只有约10%属于战死。

二战结束后，波兰的边界发生了巨大变化。超过200万波兰前东部领土上的波兰居民被苏联驱逐，而奥得河－尼斯河线成为波兰新的西部国境线，因此，波兰的领土减少了约20%。这一大规模领土变更，使得上百万人被迫背井离乡。

人民共和国时期

在斯大林的坚持下，雅尔塔会议批准在莫斯科组建新的、亲共的波兰临时联合政府，忽视了设在伦敦的波兰流亡政府。这一举动使得诸多波兰人深感为西方盟国所背叛。1944年，斯大林向丘吉尔和罗斯福保证维护波兰的主权并允许举行民主选举。然而，在1945年二战胜利后，苏联占领当局操纵了选举，从而为苏联在波兰事务上的支配地位提供合法性。与东方集团的大部分其他国家类似，苏联在波兰建立了一个新的共产主义政府。然而，波兰境内的fangong主义叛乱一直持续到了20世纪50年代。

尽管遭到波兰国内各界的广泛反对，波兰新政府仍然接受了苏联对战前波兰东部地区（包含维尔纽斯和利沃夫等主要城市）的吞并，并同意苏联红军在波兰领土上永久驻军。在随后的冷战期间，华沙条约组织的组建，促成了波兰政治局势的变化，并成为波兰完全融入东方集团体系的象征。