680年波斯被阿拉伯所灭，阿拉伯人入侵亚美尼亚，阿拉伯人强迫亚美尼亚人改信伊斯兰教，但没有成功。885年阿硕特一世（Ashot I）又重新建立了亚美尼亚王国巴格拉提德王朝（Bagratuni）。西元1000年左右，亚美尼亚再次被塞尔柱土耳其和拜占庭帝国所夹击；1064年，亚美尼亚被拜占庭所征服，巴格拉东王朝灭亡，亚美尼亚贵族被迫迁移到地中海东岸的奇里乞亚（又称小亚美尼亚或西亚美尼亚）建立卢比尼王朝（Rubinian）。西元1071年，拜占庭的统治结束，塞尔柱土耳其开始统治亚美尼亚。1220年左右以后，亚美尼亚又被西侵的蒙古所统治。

至于西亚美尼亚则与蒙古保持着友好关系，也对十字军友好并提供援助。西元1375年，阿拉伯为了彻底阻止十字军的骚扰，因此将西亚美尼亚王国征服。1393年，最后一位西亚美尼亚国王卢西尼的莱翁六世（Levon VI Lousinian）在法国巴黎去世，这也代表卢比尼王朝的正式结束。

1454年，在拜占庭被奥斯曼土耳其人征服后不久，亚美尼亚也失去了它的最后一点的主权。1828年，东亚美尼亚被沙俄从土耳其手中买回，许多亚美尼亚人因此迁至东亚美尼亚。1915年至1918年间，正处于第一次世界大战的奥斯曼土耳其政府因为害怕亚美尼亚人叛乱，对居住在土耳其奥斯曼帝国控制区内的亚美尼亚人进行了种族大屠杀，估计死亡人数高低不等，少则接近100万，高则达150万。此外数以万计的亚美尼亚人被迫流亡海外。

1918年5月28日，亚美尼亚从土耳其独立，但原本的西亚美尼亚又被土耳其夺回。1920年11月29日亚美尼亚建立苏维埃政权，宣布成为一个苏维埃国家，并于1922年12月加入苏联。1936年成立亚美尼亚苏维埃社会主义共和国，正式成为苏联加盟共和国之一。

苏联时代的亚美尼亚，曾在1988年12月7日发生一场严重的大地震，夺去了万亚美尼亚人的生命，50万人无家可归，当时有许多西方民间团体曾发起大规模的募款赈灾活动援助灾区的居民。