1794年，由于英国军队的入侵，他带领部队从西班牙军队中哗变，并转而参加法兰西共和国的军队。杜桑·卢维杜尔得到了美国的支援，从美国得到船只和物资供应。1798年，英国干涉军统帅梅特兰与杜桑·卢维杜尔签订了和约，撤回军队。

英国撤军后，杜桑·卢维杜尔转而攻打南部和西部的混血人地盘，屠杀了1万多名混血人妇女和儿童，圣多明克全境至此已都在他的控制之下。卢维杜尔成为圣多明克实际上的统治者（他在1799年被法国执政内阁任命为总督），随后命令那些被释放的奴隶结束游荡，回到土地上去劳动。1800年到1802年间，几乎被完全毁灭的圣多明克经济又逐渐复苏过来。

革命后期

1801年7月1日海地颁布第一部宪法，宣布永远废除奴隶制度，居民在法律面前一律平等，私人财产不可侵犯，提倡贸易自由。杜桑－卢维图尔任终身总统并有权选择继承人。

1801年12月，拿破仑·波拿巴任命查尔斯·勒克莱尔为法国远征军司令，率领54艘战舰组成的舰队和 3万名士兵远征海地。

1802年2月2日，抵达海地角。起义军在亨利·克里斯多夫指挥下坚决还击，下令烧毁海地角。不久，为了摆脱法军的包围，起义军撤退到内地和沿海山区起义军另一将领德萨林在海地西部太子港等战役中亦严重受挫。在起义军失利的情况下，杜桑·卢维杜尔被迫与法军议和。

1802年6月，勒克莱尔设计诱骗杜桑－卢维图尔到海地西部的戈纳伊夫，将杜桑－卢维图尔逮捕并押送到法国，勒克莱尔背信弃义的行动激起海地人民极大愤怒。在德萨林、克里斯托夫以及佩蒂翁的领导下，起义军发动强大攻势，痛歼法国远征军。