在奥地利区域里的斯洛文尼亚人居住领地在13世纪时是处于衰弱状态的。

日耳曼殖民地已经深入卡林提亚的维拉克盆地（VILLACHBASIN）、斯提里亚的格拉茨盆地（GLAZBASIN）、卡尔尼奥拉的索拉河冲积平原（THESOLARIVERFLOODPLAIN），而意大利人的殖民地已经支配了弗里乌里安低地。

新一轮日耳曼殖民运动从北部发动，15世纪时，斯洛文尼亚人的种族界限被局限在盖尔河谷（GAILVALLEY）的赫尔马戈（HERMAGOR）、多布拉特斯山（MOUNTDOBLATSCH）、维拉克、玛利亚萨尔、扫阿尔卑斯山脉（SAUALPEMOUNTAINLANGE）、科兹贾克山（MOUNTKOZJAK）、拉古纳（LADGONA）（拉德克斯堡LADKERSBURG）和库奇尼卡河（KUCNIKARIVER）之间的区域，这个划分一直保存到19世纪中叶。

大约从1500年起，哈布斯堡家族成功控制了斯洛文尼亚人的居住区域，并统治这个区域直到1918年。

斯提里亚、卡尔尼奥拉、伊斯特里亚和后哥里吉亚几个地区被合并成内奥地利（INNERAUSTLIA），在15世纪前半叶，策尔季家族的亲王（THEPRINCEOFCELJE）压倒了哈布斯堡家族（HAPSBURG），但哈布斯堡随后在策尔季家族消亡后继承了他们的领地。

在哈布斯堡家族首领弗雷德里克一世（FLEDELICKI）和匈牙利以及克罗地亚国王马提亚斯.科维努斯（MATTHIASKOLVINUS）的十年战争中（THETEN-YEARWAR，1479-1489）中，很大一部分斯洛文尼亚领地是在匈牙利人手中的，由于马提亚斯成功抵御土耳其人的进攻和他支持农民，他成为一位斯洛文尼亚的民族英雄。

在波斯尼亚（BOSNIA）于1463年落入土耳其人手中后，土耳其人接着展开了几次对斯洛文尼亚人的居住地的侵略，他们杀戮及俘虏了大约三分之一的斯洛文尼亚人。

农民和地主的关系在大规模的农民起义中恶化到极点（分别发生于1478、1515、1573）。