马来亚联邦1946年建立，1948年解散。随后以马来亚联合邦代替马来亚联邦，在英国保护下，恢复了马来苏丹国各统治者的自治权。与此同时，马来亚共产党则在积极从事反殖民斗争，展开罢工、罢学等运动，与英殖民关系日益紧张。随着暴力冲突不断升级，最后英国宣布马共为非法组织并展开取缔，马共转为武力斗争，发动游击队行动，期望迫使英国势力撤离马来亚。于是全马来亚进入紧急状态，从1948年持续到1960年，并有英联邦军队驻扎在马来亚，从事反游击队战争。冲突期间，安全部队杀死了6,710名人民解放军游击队，俘虏了1,287名游击队，约3,200名游击队投降。1,345名马来亚军警在战斗中死亡。英联邦国家的部队有519人阵亡。2,478名平民被杀，810名平民失踪。

独立建国至今

1952年，代表马来人的马来民族统一机构（巫统）与代表华人的马来亚华人公会（马华公会）和代表印度人的马来亚印度国民大会党组成联盟并在大部分的地方选举中胜出，最后在1955年的马来亚联合邦立法议会首次选举中赢得绝大部分的议席，并在首席部长东古·阿卜杜勒·拉赫曼的领导下开始向英殖政府争取独立。于1957年8月31日在英国殖民地政府的赞同下，马来亚联合邦宣布独立，同年，以君主立宪联邦成立一个新的国家。故此，东古·阿卜杜勒·拉赫曼就成为马来西亚（当时称为马来亚）的国父，同年担任第一任总理。

由于当年婆罗洲内陆出现反殖民主义的声势，同时印尼垂涎沙巴和砂拉越的土地，欲扩张势力，英殖政府唯恐未能镇压局势，故此，建议当时已立国的马来亚，容许沙巴和砂拉越加入马来亚，扩张疆界，誓行保护当地人民和土地。然而，印尼总统苏加诺提出反对，而且砂拉越人minlian合党发动了多次抗争行动。英殖政府军队经过多番内部抗争，最终达成协议。

1959年6月10日，英属的新加坡被英国授予自治地位；1963年7月22日，英属砂拉越被授予自治，同年8月31日，英属北婆罗洲被授予自治，1963年9月16日马来亚、新加坡、北婆罗洲（沙巴）和砂拉越共同参组马来西亚联邦。马来西亚是一个由马来族、华族、印度族及原住民族等多元民族共同建立的国家。在历史上，马来西亚拥有两个重要的庆典，第一个是国家独立日，另一个是马来西亚日。国家独立日（马来语：Hari Merdeka；英语：Independence Day）是纪念马来亚独立（不包括北婆罗洲、砂拉越、新加坡），而马来西亚日（马来语：Hari Malaysia；英语：Malaysia Day）是纪念马来亚与沙巴、砂拉越、新加坡组成一个新的国家。

1965年，马来西亚国会全数通过，将新加坡驱逐出马来西亚，新加坡被迫独立。马来西亚克服了这个危机，也克服了印度尼西亚－马来西亚冲突的危机，但其内部的矛盾导致了执政联盟在1969年大选中受到重挫，随后暴发五一三事件的种族冲突。马来西亚进入紧急状态，政治生活和国民自由受到限制。从1970年开始，以巫统为首的执政联盟在第二任总理阿卜杜勒·拉扎克领导下，为组织稳定政府，拉拢在大选中新崛起的反对党如民政党、霹雳进步党、泛马回教党等加入联盟，改组成国民阵线（国阵），并在此后的44年内长期执政，使马来西亚几乎达到一党制的地步。