1991年11月20日，马其顿宣布独立。

1991年9月17日马其顿从南联盟和平分离，但马其顿随即和希腊爆发国名争端，最后马其顿于1993年以“前南斯拉夫马其顿共和国”的名义加入联合国。希腊最终在1995年解除对马其顿共和国的经济封锁。

1999年，南联盟爆发科索沃战争，近40万阿尔巴尼亚族难民从科索沃涌入马其顿，马境内阿尔巴尼亚族分离倾向不断加剧，民族问题日益突出。阿族继续坚持修改宪法，要求阿族成为主体民族，阿语成为官方语言。阿族民主党参政后，马其顿政府许诺按欧洲标准给予阿族相应权利，并做出了一些缓和民族矛盾的举措，马其顿国内的民族矛盾一度相对趋缓。

自2001年2月起，科索沃阿尔巴尼亚族jiduanfenzi多次越过南斯拉夫与马其顿边境，占领马其顿村庄，与马其顿边防军交火。随后阿族jiduanfenzi又在马其顿边境地区的第二大城市泰托沃（阿族聚居区）袭击马其顿军，遭到马其顿军猛烈还击。同时，马阿族举行集会，公开要求成为主体民族，主张建立联邦制国家，马其顿民族矛盾上升。马其顿边界发生冲突后，马其顿总统、政府、议会纷纷发表声明，强烈谴责阿族jiduanfenzi的恐怖主义行径，决定采取一切措施保卫国家主权和领土完整；批评驻科索沃维和部队没有认真执行使命，维护好马其顿与科索沃的边界；呼吁国际社会予马其顿以支持。