在这种严峻的情况下，燕王于建文元年（1399）七月五日毅然起兵，率领"靖难"之军，历时4年，大小百余战，最终兵临南京，夺得大明江山。下面选择几个大的战役加以介绍：

大破宋忠宋忠将兵3万，驻军开平，是防备燕王的重要军事力量。燕王举事后，宋忠未敢贸然进军，而是移军怀来。朱棣控制了北京城，招降守备通州的通州卫指挥佥事房胜，攻取蓟州。居庸关被朱棣攻破，守将率败军归附宋忠。宋忠为调动士气，谎称原来燕王府守卫的家属被燕王杀害了。燕王知道这一情况后，特意让那些士兵的亲属打前锋。原燕王府守卫看长陵神功圣德碑到家人没有死，恼怒宋忠欺骗他们，就临阵倒戈。宋忠顿时阵脚大乱，燕王趁机麾军过河，直扑过来。宋忠由是大败，逃回城内，结果城破被捉于厕所内。

怀来击败宋忠，是朱棣起兵后第一次大规模的战斗。这次战斗，斩首数千人，缴获战马八千余匹和大量的军械。更为重要的是，怀来之战解除了北平周围的军事威胁，提高了军威。不久开平、龙门、上谷、云中、永平等处守军纷纷投降，壮大了朱棣的力量。

真定大战八月，建文帝命老将耿炳文率兵13万征讨燕王。由于朱元璋几次借故大杀功臣后，朝廷中已经没有几个能征惯战的武将了，所以尽管耿炳文当时已经65岁了，也只能披挂出征。耿炳文和朱元璋一样，都是濠州人。当年他驻守长兴10年，抵御张士诚的进攻，"大小数十战，战无不胜"。朱元璋十分满意，建国后封他为长兴侯，为一等功臣。建文帝命其为主帅，有一举歼灭燕王之意。耿炳文驻军真定，派前锋9000人据守雄县。朱棣探知清楚后，于八月十五日悄然来到雄县。正值中秋之夜，守城士兵饮酒赏月，放松了警惕。当发现燕兵时，朱棣的军队已经攀上了城墙，守军仓促应战。这支部队是南军的精锐，战斗力很强，直到第二天破晓之时，朱棣才攻占县城，南军全部力战而死。

离雄县50里的莫州，潘忠、杨松率军驻守。朱棣料定二人会来援救，命千余勇士埋伏在必经之路的月漾桥下的水中。潘忠果然带兵来援，见雄县已失，想退回莫州，不料燕兵突然从水中冒出来，占据了月漾桥。这样前后夹击，南军大败，许多人掉进河里淹死了，潘忠被俘。朱棣乘胜追击，招降了莫州留守的万余人。一天之内，南军损失了3万人马。

在莫州投降的南军中，有一个名叫张保的将领表示愿意为朱棣效力，并将南军虚实告诉了朱棣。这时南军尚有10万人马，驻兵真定，分为两营，列于河两岸，互相声援。朱棣遂命张保回到耿炳文营中，渲染燕军马上就要进攻了。很多将领不明所以，认为南军势大，不如突然袭击。现在将张保放回，想要攻其不备也不可能了。朱棣自有一番道理：耿炳文知道燕军来攻，担心燕军势盛，必然会移营合兵一处，这正是攻击的好时机。事情正如朱棣所料，耿炳文令移营合兵。朱棣趁机率军猛攻，南军仓促应战。战斗十分惨烈，最终南军不敌燕军铁骑，退守真定城，不再出战。耿炳文长于固守，而所率军兵多步兵；燕军多骑兵，擅长野战。朱棣认为耿炳文是富有作战经验的老将，不好对付，担心时间一长，士气低落，遂围城三日后退回北平。

真定一战，南军损失数万人马，但主力尚存。如果坚持固守策略，朱棣还真没有什么好办法。然而建文帝对战事甚不满意，命李景隆接替耿炳文，意图从速歼灭燕王朱棣。临阵换将，本是兵法大忌，何况是以弱换强。