朱允炆是懿文太子朱标第二子，但朱标的长子朱雄英早故，所以明太祖朱元璋就视朱允炆为嫡长孙。洪武二十五年（1392年）皇太子朱标病死，朱允炆被立为皇太孙，由于自幼熟读儒家经书，所近之人多怀理想主义，性情因此与其父同样温文儒雅，即长皆以宽大著称。朱允炆为皇太孙时，曾向太祖请求修改《大明律》，他参考《礼经》及历朝刑法，修改《大明律》中七十三条过份严苛的条文，深得人心。

明洪武三十一年（1398年）闰五月，明太祖去世，死前密命驸马梅殷辅佐新君，朱允炆在同月（6月30日）即位，定次年（从1399年2月6日开始）为建文元年。惠帝在六月晋用齐泰为兵部尚书、黄子澄为太常寺卿，七月召方孝孺为翰林院侍讲，[1]在国事上倚重三人。惠帝的年号建文有别于其祖父的洪武，他不想仿效祖父以严刑峻法治国，即位后改行宽政，《明史·刑法二》记载“元年刑部报囚，减太祖时十三矣”，囚犯人数减至洪武时期的三成左右。

明太祖为巩固皇室，大封宗室为藩王，各拥私人护卫军队。对惠帝来说，诸藩王大多为其叔辈，且在封地掌握兵权，心中由是不安。惠帝为皇太孙时曾问黄子澄曰：“诸王尊属拥重兵，多不法，奈何？”子澄回答说诸王军力不足以抗衡朝廷。惠帝即位后，下令各王国的地方文武官员听朝廷节制，采取削藩政策，先后废黜周王、湘王、齐王、代王及岷王。在部署对付年龄最长、军功最多、武力最强大的燕王朱棣时，由于惠帝身边的谋士多缺乏实际的政治经验，以致打草惊蛇，引发了燕王先发制人的念头。朱棣在权衡利害之后，于建文元年（1399年）七月在封地北平起兵反叛。他以“靖难”为名，向京师进军。

尽管朝廷的兵力远胜燕王，由于惠帝下令“毋使朕负杀叔父名”，必须活捉燕王，这样便掣肘了中央军。加上以前太祖滥杀功臣名将，以致朝廷缺乏将才可用，而燕王曾随功臣出征，有雄才、善用兵，将士用命，因此中央军屡为燕军所突破。建文四年（1402年）四月，中央军主力在淮北惨败，燕军乘胜渡过淮河及长江。这时有人劝惠帝离开京城，方孝孺力请惠帝留下等待援兵，“即事不济，当死社稷”。六月十三日，燕王朱棣从金川门攻入京师应天府，惠帝在宫中举火，皇后**死，惠帝本人及其太子朱文奎则‘不知所终’，至今其下落仍是未定论的历史之谜。朱棣入京后，先捕杀齐泰、黄子澄、方孝孺及大批忠于惠帝的官员，后方称帝。

后人普遍对惠帝朱允炆抱持同情态度，终明一朝，朱允炆始终为百姓所念念不忘。