兵部：管理天下军政（军令由五军都督府管理）

刑部：管理天下刑名

工部：管理建筑、后勤、水利、制造等。

3．督察院

直属于皇帝的监察部门，下设正二品左右都御史、正三品左右副都御史、正四品左右佥都御史，再往下设十三道监察御史，分管每个省的检查工作（明时全国分十三省）。

4．六科