日本神道的分支有很多，主要分为三大分支。

其中，吉田神道、伊势神道和垂加神道，其实都属于同一分支，也就是反佛神道。

因为这个原因，这三大神社更容易联手，所以蓬莱仙岛上，才是这三神社出手。

除了这三神社之外，神道教还有另外两大分支。

分别是两部神道和天台神道。

两部神道，也称两部调合神道或真言神道。

这是佛教传到日本后形成的演化出来的神道。

两部指佛教真言宗所说的金刚界、胎藏界，调合指佛教、神道教融合一体，用真言宗“金胎不二”思想为基础建立起来的。

两部神道认为世界万有的基本要素是金刚界和胎藏界，而大日如来是统一金、胎两部的本体，一切皆为大日如来的化身。

另外一大分支，天台神道也叫日吉神道，或山王一实神道。

天台神道以天台宗空、假、中三谛圆融教义为基础而建立。