至于在军队方面，朱怡成在南京时就增设总参谋部，以确定五军都督府对于军事的权利，而之后又在五军都督府内部划分五军都督的职权，把原来按五府分设的结构调整为按军种和所职进行。

现在大明的五军都督府名义上挂着羊头，实际却是卖着狗肉。

其中中军都督府实际上就是京营或者说中央卫戎部队总司令部。前军都督府已成为陆军总部，后军都督府为海军总部，左军都督府统管预备役，右军都督府为总后勤部。

这五部，再加上总参谋部，连同六部之一的兵部，从而形成大明现在的军事结构，由皇帝朱怡成全权掌控。此外，地方上再划分军区，以分设总镇，确保大明军权的控制。

而这一次军机处调整，朱怡成不仅要增设铁道部和商部，同时还要重新确认总参谋部和五军都督府的职权。对于这个调整，其实在返都北京时朱怡成就在一直考虑的了。

此外，宣传部朱怡成暂时维持现状不动，但礼部这一块朱怡成却要再动上一动。